Vista general de Chinchón

En 1520, los comuneros atacaron el castillo del vasallo de Carlos V y lo destruyeron. La reconstrucción la dirigió don Diego Fernández de Cabrera, tercer conde de Chinchón. En 1706, como consecuencia del apoyo del pueblo a la causa de Felipe V, las tropas del archiduque Carlos causaron graves destrozos en el castillo. Mientras tanto, el pueblo había ido creciendo en importancia, como testimonian los edificios barrocos de este período, y la plaza Mayor se consolidaba como centro del poder público.

En 1638, las propiedades de la corteza de la quina fueron descubiertas por la condesa de Chinchón (esposa del virrey Luis Jerónimo Fernández de Cabrera) en el Perú, cuando observó que los nativos la empleaban para tratar las fiebres, pero las referencias a las propiedades curativas de la quinina y su exportación habían comenzado tiempo atrás con los misioneros jesuitas. El nombre científico cinchona se refiere directamente a la condesa (Linneo transcribió el sonido español ‘chi’ a la manera italiana: ‘ci’, lo cual era frecuente en la época).

En 1738, el condado pasó, por compra, a manos del infante Felipe de Borbón y Farnesio, y un año más tarde se le otorgó a la Villa el título de Muy Noble y Muy Leal en reconocimiento a su fidelidad en la guerra de Sucesión dado que se le acogió en una de las casas solariegas, conocida como La Casa de la Cadena y se le aclamó como rey.

La constante adhesión a la Monarquía por parte de la Villa y su desarrollo agrícola se verían recompensados en el siglo xx por el rey Alfonso XIII, que en 1916 concede a Chinchón el título de ciudad, y diez años más tarde el tratamiento de Excelencia a su ayuntamiento.

El 23 de julio de 1902 se produjo la llegada del ferrocarril a la población, con la construcción de un ramal del ferrocarril del Tajuña que llegaba hasta el cercano municipio de Colmenar de Oreja. Este trazado, de vía estrecha, contaba con una estación propia en Chinchón y ofrecía servicios mixtos de pasajeros y mercancías. El ferrocarril se mantuvo en servicio hasta la década de 1950.

El 14 de junio de 1974 Chinchón fue declarado Conjunto Histórico-Artístico. Es la única localidad de la Comunidad de Madrid que forma parte de la asociación Los Pueblos Más Bonitos de España.